Mit der Programmierung ist es möglich die Eigenschaften von Decodern zu ändern. Die wichtigste Eigenschaft ist die Adresse, unter der der Decoder angesprochen wird. Da jede Adresse nur einmal verwendet werden darf, muss dafür gesorgt werden, dass jeder Decoder eine eindeutige Adresse erhält. Bei den meisten Decodern wird hierzu die Adresse programmiert.
Bei vielen Decodern können noch weit mehr Eigenschaften programmiert werden. So ist es z.B. möglich die Geschwindigkeitskennlinie und die Anfahr- und Bremsverzögerung an das Fahrzeug anzupassen. Dadurch erhält man vorbildgetreue Fahreigenschaften.
CompuLok enthält zwei spezielle Zusatzprogramme, mit denen die Programmierung der Decoder durchgeführt werden kann.
Bei DCC Decodern sind die zu programmierenden Eigenschaften in sogenannten CVs abgelegt.
Die Programmierung ist sehr einfach durchzuführen: Es wird die gewünschte Eigenschaft gewählt, ein Wert eingestellt und dann die CV in den Decoder geschrieben.
Die Verwendung der CVs ist standardisiert und daher bei allen Decodern gleich - das vereinfacht die Programmierung wesentlich.
Die Verwendung der verschiedenen CVs kann in der Hilfe nachgeschlagen werden. Zusätzlich steht ein CV-Rechner zur Verfügung mit dem die benötigten Werte berechnet werden können.
Bei Motorola Decodern ist die Programmierung leider nicht ganz so einfach wie bei DCC, da es keine standardisierte Programmierung gibt. Die älteren Decoder der Firma Märklin können nicht programmiert werden, da bei diesen Decodern Mäuseklaviere zum Einstellen der Adresse benutzt werden. Es existiert daher kein einheitliches Programmierverfahren für Motorola Decoder.
Die meisten Decoderhersteller ermöglichen eine Programmierung ihrer Decoder, die über das Fahrgerät der Digitalsteuerung vorgenommen wird. Der Motorola Editor ist ein einfacher Fahrregler, der für diesen Zweck optimiert wurde.
Die neuen mfx-Decoder können auch auf diese Art programmiert werden.
Wie die Programmierung genau abläuft ist dem jeweiligen Decoderhandbuch zu entnehmen.
Es steht ein weiteres Hilfsprogramm bereit, um die Funktionen des Steuergerätes zu überprüfen. Mit dem Diagnoseprogramm können die Ausgänge des Steuergerätes direkt geschaltet werden. Das Diagnoseprogramm zeigt auch den Status des Steuergerätes und dessen Eingänge an. So lassen sich Probleme leichter lokalisieren und beseitigen.